游戏从宇宙世纪0079的地球联邦军和吉翁公国军开始，共有7大势力供玩家爱任意选择，根据玩家的选择会有12条发展路线，选择的势力不同，能玩到的任务自然也是不一样的。在玩《高达战争编年史》的时候，如果玩家玩过前作《高达圣战》，还可以将记录继承下来，这样就会得到很多惊喜内容，通过输入隐藏的密码，还可以得到特殊任务。

本作的一个重要新系统就是“连锁任务”，所谓的连锁任务，就是在重要的战局中出现，由多个地图构成的连续任务。在任务过程中，根据玩家的游戏情况，将会按照不同地图的方向发展，从而形成分支路线。总之，想要一次性就玩到所有分支任务是根本不可能的。这就要求玩家反复游玩，发现新的路线。就算是相同的任务，如果选择的势力不一样，任务本身也会发生变化，根据特定的条件，会触发各不相同的事件，就算是相同的路线也会有很大的不同。

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