一切都开始于一位疯狂的科学家从2099年穿越时空回到了“现在”,并且建立一家邪恶的公司,名为Alchemax。由此引发了一系列的连锁反应,直接导致生活在“现在”的蜘蛛侠的死亡。蜘蛛侠2099逃过了因为时间被改变而产生的影响(所以只有他注意到了现实的突然变化),然后和蜘蛛侠取得了联系,警告他即将到来的死亡。然而事实上,彼得·帕克在其所在的时间线里生活的很好,所以他根本就不相信 来自未来的蜘蛛侠崇拜者的话。然而,彼得还是潜入了Alchemax公司去制止那位科学家的诡计。
整个游戏过程中你都要交替扮演蜘蛛侠和蜘蛛侠2099,游戏中会使用画中画技术来表现不同时间线里所发生的事件。例如,当你扮演蜘蛛侠的时候,2099可能会说他被一个巨大机器人给牵制住了。那么你作为蜘蛛侠的目标就是在“现在”找到这台机器人的原型,并且毁掉它;于是由于过去而被改变,2099所在的未来也发生了变化,那台机器人已经和刚才不同了。
这种“因果效应”的游戏方式据说是《时空边缘》的基础,两位蜘蛛侠在时空中保持了恒定的交流。当玩家扮演蜘蛛侠的时候,2099会发出一些请求,一旦你完成了这些请求,2099的未来就会变得更好一点。相反的,扮演2099时,玩家会看到整堵墙壁或者大群的敌人在你眼前消失,或者发生某种变化,因为“过去”的蜘蛛侠遇到了麻烦。我们紧紧看到一些基本的例子来说明这种游戏特性,不过这个概念真的是非常的酷,而且无疑会造就一些极富创意和乐趣的游戏关卡。